Una vez concluida su carrera como jugador, Trelles tardó dos años para regresar a las canchas, pero ahora como técnico. Su primer equipo dirigido fue el Zacatepec de la Segunda División con el que logró el ascenso al máximo circuito.

En total, en su carrera  Nacho Trelles dirigió a ocho clubes entre los que se encuentran el Marte, América, Toluca, Puebla, Cruz Azul, Atlante y Leones Negros.

El técnico mexicano Ignacio Trelles cosechó un palmarés impresionante en su larga carrera como entrenador. Cabe destacar que su último equipo fue el Puebla en 1991.

Trelles acumuló siete títulos de la Primera División como entrenador, así como cuatro copas de Campeón de Campeones, dos Copa México y un título de la Segunda División.

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Nacho Trelles sigue siendo el técnico más ganador del futbol mexicano y es uno de los entrenadores que ha logrado coronarse campeón con cuatro diferentes equipos.

Pero su brillante carrera como entrenador no se limitó a equipos de la Liga, porque Trelles también fue el encargado de la Selección Mexicana durante 117 partidos. Ningún otro técnico ha superado esta marca con la escuadra azteca.

Ignacio Trelles dirigió en tres Mundiales al TRI.

Ignacio Trelles manejó a la Selección en tres Mundiales y fue el primer técnico en ganar un punto en la justa veraniega.

Trelles dirigió en la Copa de Mundo de Suecia 1958, Chile 1962 e Inglaterra 1966 mientras que en México 1970 fue auxiliar técnico.

Uno de los partidos que más se le recuerda al frente fue su victoria por 2-1 ante Brasil en el Estadio de Maracaná.

Don Nacho Trelles también dirigió a la Selección Mexicana en los Juegos Olímpicos de Tokio 1964 y México 1968.

Finalmente Ignacio Trelles es una leyenda de México y su nombre permanecerá para siempre.